選用優質產品，生產日期為1年以內的最好，超過這個期限的應酌情增加用量，完全失效的杜絕使用。
多菌靈對毛霉、根霉的防治效果較差，使用時應適當提高培養料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生長。銀耳、木耳、猴頭菇對多菌靈特別敏感，要避免使用。
用多菌靈拌料，應嚴格控制藥液濃度，一般使用含量為50%的粉劑，以占料干重的0.1%即可殺死和抑制雜菌生長，加大用量則會影響菌絲生長。拌料時，要先把藥劑溶入足量水中攪拌均勻，噴灑料后還要拌勻。
多菌靈在堿性環境中容易分解而失效，因此拌料時不能同時使用石灰，更不能把多菌靈、石灰混合放置。此外，多菌靈應避免長期使用，可交替使用其他殺菌劑。
